飛行機の場合
国際線のフライトは、首都タリンにあるタリン空港に発着します。ヨーロッパ主要都市（ロンドン、フランクフルト、アムステルダム、ワルシャワ、プラハ、パリ）、バルト海沿岸都市（ラトビアのリガRiga、リトアニアのヴィリニュスVilinius）、スカンジナビア半島の各都市（コペンハーゲン、ヘルシンキ、オスロ、リガ、ストックホルム）、そして旧ソビエト地域（キエフ、モスクワ）からタリンへの直行便が出ています。
エストニアの航空会社であるエストニア航空が、国内外へのフライトの少なくとも半分の便数を占めています。それ以外は、エアーバルティック、チェコ航空、フィンランド航空、ポーランド航空、ルフトハンザ航空、スカンジナビア航空などの各会社が路線を運航しています。また格安航空会社のEasyjetを利用すると、運賃を安く抑えられます。
バスの場合
Eurolinesが、タリンと西ヨーロッパ各域、ロシア、スカンジナビアを結んでいます。エストニア出入国時には、バスは最も割安な手段ですので、節約旅行には助けになるでしょう。ただし、エストニアへ向かう途中の国境警備はかなり厳しく、旅行者には何度も徹底的な検査が行われます。
車の場合
レンタカー会社のある近隣諸国からであれば、車で入国することも選択肢のひとつです。ただし国境を越える際には、自家用車よりも公共交通機関が優先されますので、検査が終わるまでしばらく待つことがあるかもしれません。
鉄道の場合
Balti Expressが、毎日ワルシャワ～タリン間を運行しています。ロシアへも国際列車が乗り入れています。
船の場合
主要な国際航路が、タリンとロシア(モスクワ)、スウェーデン(ストックホルム)、フィンランド(ヘルシンキ及びマリエハムンMariehamn)、ドイツ（ロストクRostock）を結んでいます。タリン～ヘルシンキ線は、ヨーロッパでも最もよく利用される国際航路のひとつで、1日に約50便が運航しています。エストニアとラトビア、スウェーデンの島部などを結ぶ小規模な路線もあります。
国内の移動
飛行機の場合
エストニアでは国内線の運賃が割高です。しかしどうしても急ぐ場合には、タリン～タルトウTartu間を、チャーター便で移動することができます。またBaltic Aeroservisが島部のクレサーレKuressaareやカルドラ Kärdlaなどへ運航しています。
バスの場合
都市間の移動にはバスとトラムが安くて迅速です。ただし、バスはエストニアの都市部や大きな町のみを運行しており、また非常に混雑しています。
車の場合
エストニア国内の道路状況及び運転に関しては、一般に安全でわずらわしさもありません。レンタカー会社も数多くあり、国内の移動は車を利用するが最良の手段です。タクシーも安く、都市部では至る所を走っています。
鉄道の場合
鉄道料金は安いですが、国内の路線は非常に限られています。鉄道よりもバス路線網のほうがエストニアでは充実しています。